• L'Histoire à parts égales. Récits d'une rencontre Orient-Occident (XVIe-XVIIe siècle), Paris, Seuil, 2011.
• Mémoires d’empire. La controverse autour du "fait colonial", Bellecombe-en-Bauges, Editions du Croquant et Savoir / Agir, 2006, 220 p.
• Etat colonial, noblesse et nationalisme à Java : la Tradition parfaite (17ème-20ème siècle), Paris, Karthala, collection Recherches internationales, 2005, 760 p. + glossaire + index + ill.
• Indonésie, la démocratie invisible. Violence, magie et politique à Java, Paris, Karthala, collection Recherches internationales, 2002, 245 p. + ill.

• (2012 à paraître) Cultures d'empire. Circulations, échanges et affrontements culturels en situations coloniales, Paris, Karthala, collection Recherches internationales (avec Hélène Blais, Jean-François Klein, Emmanuelle Sibeud et Isabelle Surun)
• Direction du dossier "Pèlerinages politiques", Politix, volume 20, n° 78, 2007.
• Cultures of Voting. The Hidden History of the Secret Ballot, co-direction avec J.-L. Briquet et P. Pels,  Londres, Hurst, 2007, 260 p.
• Co-direction avec E. Saada du dossier "L’Etat colonial", Politix, volume 17, n° 66, 2004.
• Direction du dossier "Anthropologies du sujet politique", Raisons politiques, série 1 / n° 4, 2000.

• (2010) "Norbert Elias et la question des violences impériales. Jalons pour une histoire de la ‘‘mauvaise conscience’’ coloniale", Vingtième siècle. Revue d’histoire, n° 106, pp. 127-140.
• (2009) "A Foucauldian, Non-Intentionalist Analysis of Modern Javanese Ethics"International Social Science Journal, n° 191, décembre-janvier, pp. 75-93.
• (2008) "Entre legs lusitanien et discours indigéniste. Eléments d’histoire et de sociologie politiques des Betawi de Djakarta", Lusotopie, décembre, vol. 15, n° 2, pp. 175-196.
• (2008) "Les organisations de ‘‘promotion de la démocratie’’ et la construction des bureaucraties électorales indonésiennes", Critique internationale, n° 40, juillet-septembre, pp. 51-72.
• (2008) "Penser le Java mystique de l’âge moderne avec Foucault : peut-on écrire une histoire non-intentionnaliste du politique ?", Revue internationale des sciences sociales, n° 191, mars, pp. 75-97.
• (2008) "‘‘Des gens inconvenants’’. Javanais et Néerlandais à l’aube de la rencontre impériale" Actes de la recherche en sciences sociales, dossier "Politiques impérialistes", n° 171-172, mars, pp. 104-121.
• (2007) "Les relations entre l’Indonésie et la Malaisie. L’histoire oubliée d’un nationalisme malais et d’un islam social-démocrate sans frontières (c. 1920-1960) ", Matériaux pour l’histoire de notre temps (BDIC de Nanterre), dossier "Asie : ordres et désordres", n° 88, octobre-décembre, pp. 44-51.
• "Rencontres impériales. L’histoire connectée et les relations euro-asiatiques", Revue d’histoire moderne et contemporaine, vol. 54, n° 4-bis, dossier "Histoires globales", 2007, pp. 55-75.
• "La ‘‘Politique éthique’’ des Pays-Bas à Java (1901-1926)", Vingtième siècle. Revue d’histoire, n° 93, janvier-mars 2007, pp. 115-138.
• "Histoire d’une ‘‘réforme morale’’ de la politique coloniale des Pays-Bas : les Ethicistes et l’Insulinde (c. 1880-1930)", Revue d’histoire moderne et contemporaine, vol. 54, n° 4, 2007, pp. 86-116.
• "La mise en cause(s) du fait colonial. Retour sur une controverse publique", Politique africaine, dossier "Passés coloniaux recomposés", n° 102, juin 2006, pp. 28-49.
• " Les orientalistes, conseillers du prince colonial ? Expertise savante et ‘‘politique musulmane’’ aux Indes Néerlandaises (c. 1880-1920)", Raisons politiques (dossier "Usages politiques de l’anthropologie"), n° 22, mai-juin 2006, pp. 95-117.
• "L’affaire des Ninjas de Banyuwangi. Crime, Etat, folie et citoyenneté dans l’Indonésie de la Reformasi", Secret/Public, n° 1, 2006.
• "Histoires de thuyul. Notes sur l’économie morale et politique du commerce avec le monde des esprits à Java Centre", Le Journal des anthropologues, n° 104-105, 2006, pp. 389-416 (version remaniée et augmentée d’un article publié sous le titre "Rencontres avec les thuyul. Heurs et malheurs du commerce avec le monde invisible à Java", Péninsule. Revue d’études interdisciplinaires sur l’Asie du Sud-Est péninsulaire, n° 50, 2005, pp. 34-55).
• "Behave like Enraged Lions ! Civil Militias, the Army and the Criminalization of Politics in Indonesia", Global Crime, volume 6, août-novembre 2005, n° 3-4, pp. 325-344.
• Les sciences sociales et le ‘‘moment colonial’’. De la problématique de la domination coloniale à celle de l’hégémonie impériale, CERI, Questions de recherche n° 18, 2006, broché, 40 p.
• "Les ingénieurs de la démocratie. Changement politique et assistance électorale en Indonésie", A contrario. Revue interdisciplinaire de sciences sociales, volume 2, n° 1, 2004, pp. 6-24 (traduction italienne d’A. Mastropaolo : "Gli ingegneri della democrazia. Conseguenze et limiti del ruolo delle agenzie di sorveglienza elettorale nel processo di cambiamento politico in Indonesia", Meridiana. Rivista di storia e scienze sociali, n° 46, 2004, pp. 187-211).
• "L’ascèse pour la gloire. Trajectoires notabiliaires de la noblesse de robe de Java (17ème-19ème siècle)", Politix, volume 17, n° 65, juillet 2004, pp. 17-44.  
• "Islam, pouvoir et modernité en Asie du Sud-Est : de la ‘‘première modernité islamique’’ aux radicalismes contemporains", Mouvements (dossier "Les musulmans dans la modernité"), n° 36, novembre-décembre 2004, pp. 31-42.
• "Un sujet en souffrance ? Récit de soi, violence et magie à Java", Social Anthropology, volume 11, n° 3, 2003, pp. 285-302.
• "De Bagdad à Djakarta : l’onde de choc idéologique en Asie du Sud-Est musulmane", Critique internationale, n° 19, juin 2003, pp. 31-39.
• "Les virtuoses de la violence. Remarques sur la privatisation du maintien de l’ordre en Indonésie contemporaine", Tiers-Monde, n° 174, juin 2003, pp. 323-344.
• "La démocratie à l’indonésienne. Bilan critique d’une transition qui n’en finit pas de commencer", Revue internationale de politique comparée, dossier "Asie du Sud-Est : fractures économiques et recomposition politique", volume 8, n° 3, janvier 20002, pp. 435-460.
• "Indonesia Raya. Les trois âges du nationalisme indonésien", Lusotopie  (dossier "Timor Leste : les défis de l’indépendance"), printemps 2002, pp. 197-214.
• "Crise politique et société incivile en Indonésie", Critique internationale, n° 13, octobre 2001, pp. 42-51.
• "Ki Gendeng, un sorcier en politique. Réflexions sur les dimensions occultes de l'espace public en Indonésie", Politix, volume 14, n° 54, juillet 2001, pp. 43-73.
• "La rencontre coloniale, une affaire de mœurs ? L’aristocratie de Java face au pouvoir hollandais à la fin du 19ème siècle", Genèses, n° 43, juin 2001, pp. 32-52.
• "Quand l’Autre est un Je. Dialogues entre la science politique et l’anthropologie sociale", Raisons politiques, dossier "Anthropologies du sujet politique", n° 4, mars 2001, pp. 7-23. 
• "Indonésie : le Désordre Nouveau", Critique internationale, n° 8, été 2000, pp. 28-35.
• "Le goût de la papaye jaune. Stratégies d’extraversion et pratiques hybrides en Indonésie coloniale", Politique africaine, n° 74, juin 1999, pp. 130-150.
• "Indonésie : renaissance de la société civile ou sauve-qui-peut général ?", Critique internationale, n° 2, hiver 1999, pp. 34-40.
• "La promesse et la menace. Pouvoir pastoral et traditions de dissidence en Indonésie contemporaine", Raisons politiques, n° 1, décembre 1998, pp. 29-48.

Ouvrages à caractère universitaire

• (2012 à paraître) "Les splendides paroles du Taj-us Salatin (1603). Une théorisation malaise du bon gouvernement et son déni philosophique européen", dans J.-G. Contamin et J.-P. Heurtin (dir.), Les Idées en science politique, Rennes, PUR.
• (2012 à paraître) "Histoire globale, histoires connectées : un "tournant" historiographique", dans S. Dufoix (éd.), Le Tournant global dans les sciences humaines, Paris, La Découverte.
• (2012 à paraître) "Jakarta's Spring. Democracy-Building Organizations and the Renaissance of Indonesian Multipartism", dans B. Petric (dir.), Democracy@large. Political Foundations, NGOs and International Organizations in Action, Londres, Palgrave MacMillan.
• (2012 à paraître) "Locating the 'Family-State'. The Forgotten Legacy of Javanese Theories of the Public Domain (17th c.-20th c.)" dans J. Adams et M. Charrad (eds.), Lineages of Patrimonial Politics, Durham, Duke University Press.
• (2012 à paraître) "Européocentrisme", dans Daniel Roche et al. (eds.), Dictionnaire historique de la civilisation européenne, Paris, Fayard.
• (2010) "Histoire globale, histoire connectée", dans C. Delacroix, F. Dosse, P. Garcia et N. Offenstadt (dir.), Historiographies I. Concepts et débats, Paris, Gallimard / Folio Histoire, vol. 1, pp. 366-377.
• (2010) "Governor Sutiyoso's "Wars on Vice". Criminal Enterprises, Islamist Militias, and Political Power in Jakarta", dans J.-L. Briquet et G. Favarel (eds.), Organized Crime and States. The Hidden Face of Politics, New York, Palgrave Macmillan, 2010, pp. 73-96.
• (2009) "Regards sur la Reformasi : la saga Syaukani. Scandales environnementaux, affairisme partisan et pouvoir militaire à Kalimantan Est (Indonésie)", dans M. Camau et G. Massardier (dir.), Démocraties et autoritarismes. Fragmentation et hybridation des régimes, Paris, Karthala, collection Science politique comparative, pp. 165-189.
• (2009) "Histoires d’empires. La question des ‘‘continuités du colonial’’ au prisme de l’histoire impériale comparée", dans Pierre-Robert Baduel (ed.), Chantiers et défis de la recherche sur le Maghreb contemporain, Tunis, Editions IRMC, pp. 129-154.
• (2008) "Les ‘‘guerres du vice’’ du gouverneur Sutiyoso. Entreprises criminelles, milices islamistes et pouvoir politique à Djakarta", dans J.-L. Briquet et G. Favarel (eds.), Aux frontières de l’illicite. Milieux criminels et pouvoirs politiques, Paris, Karthala, collection Recherches internationales, pp. 84-103.
• (2008 à paraître) "The Long Moral Journey of the priyayi. State-Formation and the Moral Economy of Self-Denial in Java (17th-20th c.)", dans J.-F. Bayart et J. Lonsdale (dir.), State-Formation and Moral Economies in the Non-Western World, Cambridge, Cambridge University Press.
• (2008 à paraître) "Histoires globales, histoire connectée", dans C. Delacroix, F. Dosse, P. Garcia et N. Offenstadt (dir.), Dictionnaire d’histoire. Notions, concepts, Paris, Gallimard, collection Tel.
• (2008 à paraître) "La saga Syaukani. Scandales environnementaux, affairisme partisan et pouvoir militaire à Kalimantan Est (Indonésie)", dans M. Camau et G. Massardier (eds.), Revisiter les régimes politiques, Paris, Karthala, collection Politique comparée.
• (2008) "Le Quartier Latin pour le Viêtnam ! Mai 68 et l’anticolonialisme", dans D. Dammame, B. Gobille, F. Matonti et B. Pudal (dir.), Mai-juin 68, Paris, Editions de l’Atelier, pp. 89-101.
• "Faire parler les subalternes ou le mythe du dévoilement", dans M.-C. Smouts (dir.), La situation postcoloniale. Les postcolonial studies dans le débat français, Paris, Presses de Sciences Po, 2007, pp. 276-284.
• "Indonésie : transformations de l’espace politique et émergence d’un ‘‘gouvernement du risque’’", dans S. Boisseau du Rocher (dir.), Asie : dix ans après la crise, Paris, La Documentation Française, 2007, pp. 101-122.
• 'Zwischen oder nach den Imperien ? Koloniale und postkoloniale Prozesse der Staatsformierung in Indonesien, Malaysia und Kambodscha", dans S. Weiss et J. Schmierer (eds), Prekäre Staatlichkeit und internationale Ordnung, Wiesbaden, Verslag für Sozialwissenschaften, 2007, pp. 228-241.
• "The Engineers of Democracy. Electoral Monitoring Agencies and Political Change in Post-Suharto Indonesia", dans R. Bertrand, J.-L. Briquet et P. Pels (eds), Cultures of Voting. The Hidden History of  the Secret Ballot,Londres, Hurst, 2007, pp. 114-141.
• "Introduction : Towards a Historical Ethnography of Voting", avec P. Pels et J.-L. Briquet,  dans R. Bertrand, J.-L. Briquet et P. Pels (eds), Cultures of Voting. The Hidden History of  the Secret Ballot, Londres, Hurst, 2007, pp. 1-15.
• "Plus près d’Allah’’. L’itinéraire social et idéologique d’Imam Samudra, terroriste et militant islamiste indonésien", dans B. Gaïti et A. Collovald (dir.), La Démocratie aux extrêmes.  Sur la radicalisation politique, Paris, La Dispute, 2006, pp. 201-222.
• "Chroniques d’une guerre morale. Subjectivation par l’ascèse et formation de l’Etat à Java (Indonésie)", dans J.-F. Bayart et J.-P. Warnier (dir.), Matière à politique. Le pouvoir, les corps, les choses, Paris, Karthala, collection Recherches internationales, 2004, pp. 57-91.
• "Qu’est la Réforme devenue ? Changement démocratique et violence politique en Indonésie", dans F. Godement et R. Serra (dir.), Annuaire de l’Asie Orientale, Paris, La Documentation Française, 2003, pp. 113-136.
• "Tigres-rois et tigres-garous. Les dimensions félines du répertoire mystique du politique à Java (17ème-20ème siècle)", dans P. Bacot, E. Baratay, D. Barbet, O. Faure et J.-L. Maynaud (dir.), L’animal en politique, Paris, L’Harmattan, 2003, pp. 133-152.
• "Tant qu’il plaît à Monsieur. Le gouvernement pastoral comme matrice et alibi de la privatisation de l’Etat en Indonésie", dans B. Hibou (dir.), La privatisation des Etats, Paris, Karthala, collection Recherches internationales, 1999, pp. 285-319 (version anglaise remaniée parue sous le même titre dans B. Hibou (dir.), The Privatization of the State, Londres, Hurst, 2004, pp. 211-240).

Ouvrages de diffusion de l’information scientifique

• "Notre ‘‘mémoire d’empire’’ ", dans J.-P. Rioux (dir.), Dictionnaire de la France coloniale, Paris, Flammarion, 2007, pp. 831-836.
• "Indonésie : la chute de Suharto et l’avènement de la Reformasi", Encyclopaedia Universalis 2007, Paris, Ed. Encyclopédie Universalis.
• "Etat-nation" et "Nationalisme", entrées du Dictionnaire des questions politiques, Paris, Editions de l’Atelier, 1999, pp. 69-72, 153-156.

• "La ‘‘folla divenuta folle’’. Violenza e autoctonia nella Giava della Reformasi" ("La ‘‘foule devenue folle’’. Violence et autochtonie dans le Java de la Reformasi"),  Annuario di Antropologia (Turin), avril, n°1 / (à paraître 2008).
• "L’identité nationale au prisme des histoires globales : par-delà le Grand Récit de la Nation", Savoir / Agir, n° 2, décembre 2007, pp. 51-60.
• "L’Indonésie noie ses pauvres. Pouvoir municipal, groupes criminels et rumeurs populaires à Djakarta", Savoir / Agir, n° 1, septembre 2007, pp. 121-126.
• "La Francia elogia il suo colonialismo", Limes. Rivista italiana di geopolitica, n° 3 / 2006, mai-juin 2006, pp. 27-49.
• "L’Indonésie au prisme du terrorisme. Remarques sur les procès de Bali et sur les effets politiques de la lutte anti-terroriste en Asie du Sud-Est", Approches Asie, n° 17, 2005, pp. 5-12.
• "Religion et lutte antiterroriste en Indonésie et en Malaisie", Cahiers de l’Orient, n° 78, spécial.
• "L’islamisme en Asie du Sud-Est" 2005, pp. 7-26
• "Indonésie : les défis du nouveau président", Politique internationale, n° 106, hiver 2005, pp. 391-417.
• "Remarques sur la littérature récente sur les faits politiques en Asie du sud-est musulmane (Indonésie, Malaisie)", La Revue internationale et stratégique, n° 53, printemps 2004, pp. 129-134.
• "Le palais global", avec J.-F. Bayart,  Projet, n° 283, novembre 2004, pp. 71-74.
• "Islam and Politics in Europe and in Asia : Some Comparative Reflections", Asia -Europe Journal, Asia-Europe Foundation, Singapour, volume 1, n° 3, août 2003, pp. 323-331.
• "Indonesia’s Future : One of Hope or Despair ?", ISIS Focus, Institute of Strategic and International Studies, Kuala Lumpur, n° 171, avril-juin 2003, pp. 14-16.
• "Les pemuda en politique. Les répertoires d’action des marches protestataires des étudiants d’Indonésie en 1998", Le Mouvement social, n° 202, janvier-février 2003, pp. 41-49.
• "L’affaire des otages de Jolo, un exemple de criminalisation du politique en Asie du Sud-Est", La revue internationale et stratégique, n° 43, automne 2001, pp. 40-47.